Glede na funkcionalno hierarhijo lahko programski sistem za manipulacijo in transport opreme razdelimo na ni-nivojsko krmilno programsko opremo, ki je tudi najosnovnejši operativni sistem za podporo celotne opreme. Ta vrsta programske opreme v glavnem vključuje krmilne sisteme PLC, gonilnike frekvenčnih pretvornikov, programe za zajemanje signalov senzorjev itd. Neposredno se povezuje z vsemi napravami strojne opreme na mestu, ki je odgovorna za sprejemanje različnih signalov senzorjev, izvajanje navodil za stikala ter nadzor delovanja motorja in ritma prenosa. Osnovna krmilna programska oprema ni neposredno namenjena operaterjem, ampak se osredotoča na natančen akcijski nadzor opreme, ki zagotavlja stabilno izvajanje osnovnih procesov, kot so transport, dvigovanje, sortiranje in začetek in zaustavitev. Je jedro vseh operacij avtomatizacije in določa natančnost in stabilnost delovanja opreme.
Drugič, obstaja-človeška računalniška-programska oprema za interakcijo in razporejanje srednjega nivoja, ki sta osrednji nosilec za operaterje v povezavi z opremo in ključnimi sistemi za razporejanje proizvodnih linijskih procesov. Ta vrsta programske opreme vključuje predvsem konfiguracijske sisteme z zaslonom na dotik,-sisteme za nadzor delovnih postaj na kraju samem itd., ki so v glavnem odgovorni za nastavitve parametrov, preklapljanje med načini, načrtovanje procesov in prikaz stanja. Osebje lahko prilagodi hitrost transporta, spremeni logiko povezave, nastavi proizvodni cikel, preklaplja med ročnim in samodejnim načinom prek tega sistema in si hkrati ogleda-status delovanja v realnem času, stanje opreme in napredek procesa celotne transportne linije. V primerjavi z osnovno nadzorno programsko opremo je ta tip sistema bolj nagnjen k-praktični uporabi na kraju samem, saj služi predvsem dnevnemu odpravljanju napak v proizvodnji in nadzoru procesa.
Nenazadnje je programska oprema za-upravljanje podatkov in spremljanje delovanja na najvišji ravni, ki se pogosto uporablja za-proizvodne linije in inteligentne delavnice ter služi splošnemu upravljanju proizvodnje ter delovanju in vzdrževanju opreme. Ta vrsta programske opreme vključuje sisteme za statistiko proizvodnih podatkov, sisteme za spremljanje delovanja in vzdrževanja opreme, sisteme knjig za analizo napak itd. Osnovne funkcije so združevanje podatkov, spremljanje stanja, hramba knjig in analiza nepravilnosti. Sistem bo shranjeval-dolgotrajne podatke o delovanju opreme, podatke o proizvodni zmogljivosti, zapise o napakah in dnevnike delovanja. Samodejno lahko izračuna dnevno proizvodnjo, izkoriščenost opreme, pogostost napak in druge informacije, zaradi česar je vodstvenemu osebju priročno izvajati obračun zmogljivosti, načrtovanje vzdrževanja opreme, optimizacijo in prilagajanje proizvodnje ter doseči nadgradnjo transportne opreme iz enega samega avtomatiziranega delovanja v inteligentno upravljanje.
